电影中，在尼奥觉醒之前，一个机器人特工就足以击败墨菲斯他们所有人，这就是双方之间的实力差距。
此时，帝国学院的十三个人也全都化身机器人特工，一群人浩浩荡荡的从楼里走出来，营救尼奥已经是不可能的了。
但就这么放弃尼奥，更是不可能。无奈众人只能远远尾行着，看看特工们到底会怎么处理尼奥。
不出肖寒所料，尼奥被带走之后，很快就又被放了出来。
“看来肖寒说的没错，他们不知道尼奥的重要性，所以准备放长线钓大鱼，通过尼奥来弄清楚我们的真正目的！”
墨菲斯语气轻松了许多：“我们先撤，他们肯定在尼奥身上放置了追踪虫子。不过他们的做法，只会让尼奥更加坚定矩阵的存在，接下来我们联系他就简单多了。”
尼奥作为救世主，自然拥有特别之处。他是为数不多在沉睡中就能感知到矩阵存在的人，所以墨菲斯在寻找他的过程中，他也一直在寻找墨菲斯。
在这个基础上，肖寒他们只要找到了尼奥，想要接触到他其实很简单。只不过现在尼奥身上带有“尾巴”，需要帮他解除掉那条“尾巴”才行。
一行人再次分开行动，墨菲斯带人回到了大本营，肖寒、钟玥汝、崔妮蒂还有李惊龙则远远跟在尼奥周围，排除隐藏风险。
晚上八点，天上突然下起了大雨。肖寒他们跟着尼奥一整天，发现并没有人监视尼奥之后，墨菲斯便正式开始联系尼奥。
尼奥果然在等待着墨菲斯的联系，很快，便按照墨菲斯的指示，来到了约定地点。
肖寒接到尼奥之后，立马把特工们放在他体内的追踪器取了出来，这才带着他去见墨菲斯。
在矩阵之中的尼奥，并不是本体，而是尼奥思维构建成的虚幻角色。墨菲斯他们想要推翻机器人的统治，必须要找到尼奥的本体。
但尼奥的本体跟全世界的人类一样，沉睡在机器人的培养皿中，盲目的寻找是绝不可能找得到的。
所以墨菲斯在寻找队友的时候，会拿出一红一蓝两个药丸让对方进行选择。选择蓝色药丸，便会继续沉睡。而选择红色药丸，则会被唤醒。
沉睡的人只要服下药丸，墨菲斯他们就能捕捉到他所发出的信号，然后就能从机器人的“巢穴”之中准确找到目标。
此时尼奥在跟墨菲斯聊了一会之后，便也选择了红色药丸。很快，药丸开始发挥药效，矩阵外面的人快速锁定尼奥的信号。
大约过了半个小时，外面的人便传来消息，他们已经救出了尼奥！
听到这个消息，墨菲斯立马带领众人离开矩阵，回到了飞船上。随后，他们就看到一个瘦骨嶙峋的秃头。
因为从出生之后就生活在培养皿中，尼奥从来没有机会真正脚踏实地的活动，所以他浑身的肌肉已经萎缩了。
眼下他完全就是皮包骨，还需要很长的时间才能恢复过来。而在尼奥完全恢复之前，肖寒他们没办法进行下一步的计划。
等待尼奥恢复的这段时间，大家也都没有什么事，这一晃也不知道过了多久，但好在尼奥终究还是恢复了。
不过身体上的恢复只是开始，如何让尼奥接受真实的世界，这才是困难所在。毕竟前半生的尼奥，一直生活在矩阵之中，突然告诉他之前的一切都是虚幻的，这确实很难让人接受。
尤其是知晓现在这个世界，是机器人统治的世界之后，尼奥的世界观都被完全颠覆了。
但他是救世主，承载着墨菲斯所有的希望。因此，墨菲斯对他有十足的耐心，徐徐渐进的引导着尼奥，终于让尼奥接受了真实的世界。
随后，墨菲斯便开始继续指导尼奥如何战斗，如何更好的理解矩阵，又如何开启自己的“救世主能力”。
要把尼奥这样一张白纸，培养成带领人类推翻机器人统治的先驱，这并不是一件简单的事情。
相较于以往，这一次的副本挑战对肖寒他们这些试炼者来说有些平庸。因为从进入副本到现在，已经过去不少时间了，但在这期间他们似乎并没有真正做什么事情。
倒是肖寒，整天闲着没事就进入矩阵，也不知道是在干什么，就连钟玥汝问起来，他也都是含糊其辞的糊弄过去了。
这天，肖寒再度进入矩阵，等出来的时候，就发现钟玥汝、李惊龙他们全都围在他周围。
“我靠，你们这是干什么？吓我一跳！”肖寒抬手取下后脑勺的连接线，笑着说道。
钟玥汝一脸严肃的盯着肖寒说：“肖寒，你老实告诉我，你进矩阵干什么了？这次你别想糊弄我，我不信你会毫无缘由的频繁进矩阵！”
李惊龙也说道：“对呀，我们都进副本这么长时间了，一直这么闲着，都闲出毛病来了。你到底在忙什么，告诉我们一下，我们也好帮帮忙啊！”
肖寒摸摸鼻子，看了看四周，发现没有其他人之后，小声说道：“我进去抓叛徒了！”