在这种严峻的情况下，傅家甸除了姚孙两名医生，就只有五名看护人员协助，而所谓的养病院也只是临时由一间公共浴室改造的。姚医生告诉伍连德，政府出钱为死者提供棺材，家属既可就地安葬也可扶灵回乡。由于傅家甸住的大多是闯关东的人，此时又临近春节，所以很多人选择回乡。
传染病从发端到大规模流行，其间有一段相对缓慢的发展期，如果在这时切断传播途径，便可以控制住疫情。但随着大批携带病毒的尸身和疑似患者踏上南下返乡之路，疫情传至关内只是一个时间的问题。伍连德感到他们已经失去了控制疫情的最佳时机，更大规模的爆发就要来了。
伍连德在傅家甸住了一个多月，他要求政府施加禁令，不许人员随意离开驻地，同时实施隔离观察确定发病人群，并在各区域进行严格的消毒措施。尽管措施得当让疫情稍微有了缓解，但不知道究竟是何种病症，就无从下手从根本上解决问题。
根据这段时间的观察，姚医生认为这种病是在人与人之间通过飞沫传播的肺部炎症。傅家甸民居低矮肮脏，再加之冬天门窗紧闭空气不流通，一旦室内一人染病很容易全家感染。但自从1894年发现鼠疫杆菌后，医学界普遍认为鼠疫杆菌是由跳蚤咬了染病老鼠后，又咬人才得以传播的，这似乎与姚医生反映的病毒传播方式不同。而且此时正值隆冬，哪有那么多跳蚤呢？
因为疫情的散播太快，伍连德先上书朝廷，要求各地严格进行防疫措施，以免疫情传至帝都。对于疫情传至帝都，城内的权贵们非常敏感，他们立刻颁布了严格的消毒隔离命令。
自从1月13日，后金政府就下令在山海关一带设卡严防。1月14日，停售帝奉火车二三等车票，南金铁路停驶。1月15日陆军部派军队驻扎山海关，阻止入关客货。1月16日在山海关沟帮子设立隔离区，查有病人就地截留。1月21日又下令“将帝都天风火车一律停止，免致蔓延。”至此，关内外的铁路交通完全断绝。后金政府还在山海关设立检验所，将陆路南下的旅客留住5日，以防鼠疫蔓延。
在实行隔离的同时，许多地方开展了奖励捕鼠的活动。在帝都内外城巡警总厅又颁布捕鼠令：照得帝都地方预防鼠疫传染，如有捕得鼠子者，均就近送至派出所或区署，每活鼠给铜圆二枚，死鼠给铜圆一枚。并传知各区均立簿册填列收确数，按日报厅。
在江夏凡捕一鼠持之警局，给铜圆二枚。在天风刻已晓谕军民人等，嗣后凡捕得老鼠送交该局者，每头给予铜子一枚，以期根株尽绝。冥北三省更把奖金提高至活鼠毙鼠每个铜币七枚。据统计，仅奉天省处置的老鼠就有80972只之多。
与此同时，公共卫生也第一次引起了各级政府的重视。北蓟省开始在各关检疫分所于城瓮内设机器药水见人消毒，屠宰行业每日必须消毒一次，内脏必须当场清洗干净装在专用的板箱内，不准暴露在外，工作人员必须穿白色服装。
天风卫生局发布紧急告示，列出喝开水、吃熟食、注意生活卫生等10条预防措施。帝都则令各街巷剃头棚房屋一律裱糊干净，地下均垫石灰，所有铺内伙友，衣服、搭布、手帕每日更新三次。如发现私自通行于断绝交通之处及随地便溺不遵守公共卫生者，处以五元至三十元不等的罚款。
尽管防疫工作做得如此到位，即使是后世的眼光来看也很科学，但鼠疫却没有得到有效控制。伍连德开始深思，流行在冥北的这种致人死命的恶疾到底是不是鼠疫。
作为一名严谨的科学工作者，伍连德决定还是通过化验来判断。就在伍连德入住傅家甸之后的一个半月，一名与当地人通婚的倭国女人疫死，伍连德当即决定解剖尸体，找出真正的病因。
在孙姚两位医生的带领下，伍连德和助手来到一间幽暗肮脏的小屋，倭国女人就穿着一件简陋的和服躺在榻榻米上。经过简单的消毒和防护措施，解剖开始了，伍连德用刀片划开了死者的胸膛取出肋骨，用注射器抽出死者心脏、肺脏和脾脏的血液，并把它们放在载玻片上以备回去化验。随后他们将尸体小心地缝好穿上衣服，安放在政府提供的棺材中。解剖的全过程严格保密，甚至连死者的家人也不知道发生了什么。
这大概是冥北乃至全华兰境内第一次尸体解剖了，在华兰人的观念中，解剖尸体无疑是对死者的大不敬，一旦被当地百姓知道，必将引起人们的恐慌和愤怒。何况如今的后金律之中也不允许解剖，可见伍连德此时承受了多大的压力。
事实证明，这个险冒的相当值得。经过化验，伍连德在死者的血样中发现了鼠疫杆菌，由此可以确定流行在傅家甸的恶疾正是鼠疫。但这种疾病是通过飞沫传播的，与鼠疫公认的传播方式相矛盾，这又怎么解释呢？这时伍连德大胆地提出，在傅家甸流行的鼠疫不同以往，它是可以通过飞沫传播的肺鼠疫。也就是说无需通过老鼠，肺鼠疫就可以在人与人之间传播。
找到了病因，伍连德立刻决定启程回哈尔滨，他要尽快召集人手，展开对鼠疫的防治工作，但一开始他的理论就没有被同行接受。就在伍连德到达哈尔滨之前，倭国南金铁路已派一名日本医生前来调查病因，而这名倭国医生正好受教于鼠疫杆菌的发现者——著名学者北里柴三郎。
对于老师的理论，倭国医生是深信不疑的。他刚刚抵达哈尔滨就立即雇人捉四处老鼠，以期在老鼠身上发现鼠疫杆菌。可是一连解剖了几百只老鼠，他始终没有在老鼠身上发现预料中的鼠疫杆菌。