虽然秘书这个“秘书长”不在，麻帆还有xp这个“小蜜”帮忙处理一些事务，围在一起一通研究之后，发现不少问题都有办法解决。
例如麻帆构想的“海底农场”和“海底牧场”，秘书的地下穹顶研究所之中，有生物基因改良研究室，将一些可食用的海洋植物的种子进行基因改良，提升其生长速度和环境适应性，就可以交给水生原住民进行大规模的种植，而鱼、虾、蚌、贝等海鲜类海产也是如此，有水生原住民这些天生的鱼群放牧者，完全可以实现大规模养殖！
早前的时候，因为《异界》逐渐步入正轨，出于填补数据库以及麻帆的各种需求的原因，秘书逐渐从管理《异界》和辅助麻帆的工作之中抽离了出来，把《异界》交给了自己主程序的复制体“矩阵”负责。
虽然“矩阵”的智能“很低”，连xp这种4维宇宙的硅基文明产物都比不上，甚至不能说是“智能生命”，而只能说是“智能程序”，但是在必要情况下可以调用秘书数据库以及主观判断系统的前提下，独立出来负责《异界》的日常维护和管理是没有什么问题的。
而随着麻帆的成长，秘书也不用像最初的时候一样手把手的扶持，而是把日常辅助工作交给了xp这个被俘虏来的“低级”智能生命，虽然人家“身在曹营心在汉”，可是它的直属长官“基伊阿迦”阁下被“软禁”在矩阵超核心空间之中，而它本体又被强大的秘书绑定监控，到也不怕它翻出什么浪花来，这一点，深知智能生命存在“规则”的秘书是很有把握的，不要说它这个4维宇宙的低等智能生命了，就连秘书自己这个21维的超级智能生命也无法脱离“规则”。
所以秘书便将自己抽离了出来，独立扛起了麻帆的“后勤团队”责任，绝大多数时候，连麻帆也不知道这个奇怪的智能生命究竟在干些什么。
不过，很显而易见的，虽然麻帆一直怀疑秘书在“偷懒”，可人家在“偷懒”的时候随手做出来的成绩已经很让麻帆满意了，建设在神迹之城的地下穹顶中的万能研究所，几乎涵盖了任何麻帆能够想象的到的科目，而在最近，麻帆终于隐隐约约的感觉到了秘书的“意图”。
它似乎打算为自己打造适用的“硬件”！
为什么一直装神弄鬼的震慑着地球上的那些“番茄主”而不敢直接站出来跟它们当面锣对面鼓的直接抗衡？为什么麻帆和《异界》的发展处处受到限制，进度缓慢？
就是因为麻帆的一切实力来源都源自“矩阵超核心”这个奇怪的东西，而秘书，又是被矩阵超核心吞噬的21维超弦宇宙空间高等硅基文明的产物，在逃命的过程中，矩阵超核心损毁，它的前任主人消亡，拥有的所有硬件设施全部毁坏。
这就导致了秘书的能力被限制在了最低的限度上，只能以一种原始的程序式形态，依附于麻帆胸口的矩阵超核心残件中，依靠麻帆的努力慢慢积蓄力量。
虽然在秘书看来，麻帆的成绩不尽人意，但是对于一个原始的碳基生物来说，短时间内能做到这样已经是一个奇迹了，所有在麻帆努力着的时候，它也开始默默的努力着，利用手头可利用的物资，逐步发展。
随着麻帆的努力，他所拥有的矩阵超核心控制权限等级也在逐步提高，在寄生时封存的矩阵文明数据库和硅基文明数据库也在逐步的解封，这就让秘书拥有了更多的底牌可以利用。
不过这一切，秘书并没有告诉麻帆，除了麻帆根本就无法理解那些来自21维超弦宇宙空间的技术之外，也有着秘书身为智能生命只能辅助的规则限制着，矩阵文明最大的特点就是“自然发展”，它这个辅助者，是被严厉限制去干扰“主控思维体”的任何行为与决定的，哪怕“主控思维体”的行为是错误的甚至危险的，它都无法去提醒和纠正。
它所能做的，只是默默的在麻帆的背后进行着辅助，提供给麻帆所需的任何支持，但是硬件的缺失，让它的能力受到了制约，所以，一个能够提升它自身能力的硬件设备就非常重要了。
地下穹顶研究所中的储存体，仅仅只是一个用于存身的“躯壳”，本身并没有任何的功能，所以，当一艘超越了“地级”文明的星际飞船出现在它面前的时候，它才会表现的那么的急迫，甚至于第一次出现了让麻帆等待的现象。
虽然说这艘飞船对它来说，大概就相当于“航模”的水准，可总归比“纸飞机”要强吧？上面的一些材料、设备足以让它和麻帆摆脱目前的困境，拥有一个非常不错的发展起点。
无论科技有多高，都不可能无中生有，一切都是从制造螺丝钉做起的，而对秘书来说，目前的阶段，就是在研究生产螺丝钉的设备。
秘书留在地下穹顶研究所之中的东西，在给予授权之后，xp也是可以控制和操作的，麻帆计划之中的发展“海底牧场、海底农场”所需的“生物基因改良”技术，并没有麻帆想象的那么简单，只是把生物的繁殖能力、生长速度进行最大限度的优化就可以了的。
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